1. 屏蔽泵直接利用了电动机原理，而磁力泵电机的能耗要通过内外磁钢输送到叶轮上(部分能量转化为磁钢的发热)，因此屏蔽泵效率比磁力泵理论上要高一些。
2. 从结构可以看出，屏蔽泵很大的缺点在于无法维修(非常困难)，使用过程中无论是泵体还是电机出问题，用户基本上都无法自行维修。而磁力泵修理起来跟普通泵没太大区别。屏蔽泵电机轴承与介质接触，可想其使用寿命。所以屏蔽泵既难日常维护，又难维修，而且其可靠性还无法没法预知，你没法去检测观察故障现象和先兆，屏蔽泵无法发现运行中的隐患，一旦出现问题就是致命的损坏。3. 磁力泵隔离套的厚度是屏蔽泵的3倍以上，所以密封性和可靠性大可放心。
4. 屏蔽泵电机轴承由介质进行润滑，其电机不带风扇，电机的散热由介质的内循环带走热量。这样导致这种屏蔽电机的故障率较高。磁力泵电机是普通电机，靠风扇散热，成熟可靠。但是也因为此磁力泵的噪音比屏蔽泵大。
5. 屏蔽泵的结构更加紧凑，因而比磁力泵尺寸做得更小，省空间。
6. 屏蔽泵无联轴器，磁力泵与电机间通过联轴器连接，需要对中。
7. 磁力泵由于磁性材料问题，其能够做到的很大功率比屏蔽泵低，这样导致有些高流量和高压力带来的大负载应用上磁力泵受限。
8. 磁力泵对强腐蚀性介质比屏蔽泵适用性更好，因为其隔离套较厚(屏蔽泵屏蔽套做厚了会影响定子绕组与转子绕组的电磁效应)。9. 介质中含有金属颗粒(如铁屑)的场合不能用磁力泵，因为铁磁性材料会被磁钢吸引，导致故障。而屏蔽泵可以处理。
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